Organe der Sparkassen sind nach aktienrechtlichem Vorbild der Vorstand und der Sparkassenrat.

Der Vorstand ist Geschäftsführer und Vertreter der Sparkasse, besteht aus 2 - 7 Mitgliedern und wird für höchstens 5 Jahre vom Sparkassenrat bestellt. Wiederholte Bestellungen sind zulässig und üblich.

Der Sparkassenrat (in Sparkassen Aktiengesellschaften der Aufsichtsrat) übt die Kontrolle über den Vorstand aus, hat jedoch keinerlei Geschäftsführungskompetenz. Er besteht aus dem Vorsitzenden und mindestens 3 weiteren Mitgliedern sowie den vom Betriebsrat entsendeten Mitgliedern (in fast allen Sparkassen ein Drittel der Gesamtzahl). Die Haftungsgemeinde darf bei Gemeindesparkassen maximal ein Drittel der Mitglieder stellen. Die Gesamtzahl der Aufsichtsratsmitglieder darf 30 nicht übersteigen.

Der Vorsitzende des Sparkassenrates ist bei Gemeindesparkassen grundsätzlich der Bürgermeister oder ein anderes Gemeinderatsmitglied der Haftungsgemeinde, bei Vereinssparkassen der Vereinsvorsteher. Die weiteren Mitglieder werden bei Gemeindesparkassen vom Gemeinderat, bei Vereinssparkassen von der Vereinsversammlung gewählt.

Vereinssparkassen wurden von Sparkassenvereinen gegründet, der Sparkassenverein hat jetzt nur mehr die Aufgabe der Sicherung des organisatorischen Bestandes dieser Sparkasse. Organe des Sparkassenvereins sind die Vereinsversammlung und der Vereinsvorsteher. Die Vereinsmitglieder haften nicht für die Verbindlichkeiten der Sparkassen.

Gemeindesparkassen wurden von einer oder mehreren Gemeinden unter deren Haftung gegründet. Diese Gemeinde(n) haftet/n für alle Verbindlichkeiten als Ausfallsbürge(n) im Falle der Zahlungsunfähigkeit. Für neue Verpflichtungen unterliegt die Ausfallshaftung einer Fristenregelung. Die wesentliche Aufgabe der Gemeinde(n) ist wie beim Sparkassenverein die organmäßige Besetzung des Aufsichtsorgans (Sparkassenrat bzw. Aufsichtsrat).

Die bisherigen Aufsichtsregelungen wurden durch ein neues Finanzmarktaufsichtsgesetz teilweise novelliert, das am 1. April 2002 in Kraft trat. An die Stelle des Bundesministers für Finanzen tritt eine neue Finanzmarktaufsichtsbehörde (FMA), die nach dem BWG die Einhaltung aller Vorschriften überwachen und Missständen entgegentreten muss. Die neue Behörde (bisher der Finanzminister) kann Auskünfte über Geschäftsfälle verlangen und Prüfungen veranlassen. Weiters genehmigt sie/er die Satzungen und die Satzungsänderungen sowie allfällige Fusionen und ist für die Aufsicht über den Sparkassen-Prüfungsverband zuständig.